Yılan

Bin yıllar boyunca anlatılan hikayelerin ilki şöyledir; Kahinin biri Bizans İmparatoru Konstantin'in çok sevdiği kızının onsekiz yaşına geldiğinde bir yılan tarafından sokularak öleceğini söyler. Bunun üzerine Konstantin kızını korumak amacıyla denizin ortasına bir kule inşa ettirir. Hergün bir kayık ile kendi eliyle hazırladığı yiyecekleri yollar. Kızı onsekiz yaşına geldiğinde babasının kendi elleriyle hazırladığı üzüm sepetinin altında uyuyan bir yılan tarafından sokulur ve kehanet gerçekleşir. Konstantin kızına demirden bir tabut yaptırarak Ayasofya'nın giriş kapısının üstüne yerleştirir. Bugün tabutun üzerinde iki delik vardır. Bu noktadan hareket ederek yılanın, Konstantin'in kızını ölümünden sonra da rahat bırakmadığına dair hikayeler anlatılır.

Hero ve Leandros

Kızkulesi ile ilgili anlatılan bir başa hikaye; Ovidus'un kaydettiği bir aşk hikayesidir. Hero ile Leandros adlı iki gencin hüzünlü aşkını anlatan bu hikaye, Hero'nun kuleden ayrılması ile başlar. Athena rahibelerinden Hero aşka yasaklıdır ve kulede yalnız yaşamak-tadır. Hero günün birinde tapınakta yapılan bir törene katılmak, için kuleden ayrılır ve orada Leandros ile karşılaşır. Aşkı hissedince yasaklı olduğunu unutur. Leandros her gece yüzerek kavuşur sevgilisine. Hero'da  her gece fenerini yakarak yol gösterir. Leandros'un yüzerek kuleye geldiği fırtınalı bir gecede Hero'nun yaktığı fener rüzgardan söner. Karanlıkta yolunu kaybeden Leandros boğazın sularında boğulur. Sevgilisinin öldüğünü gören Hero'da kendini Kızkalesi'nden boğazın sularına bırakır. Bu hikaye nedeniyle Kızkulesi'nin adı Tour de Leandros olarak da anılmaktadır.

Battal Gazi

Osmanlı dönemi ile ilgili hikayede Battal Gazi ve askerleri ile Kızkulesi'ne baskın yaparak kuleye saklanan hazineleri ve Bizans Tekfur'unun kızını kaçırırlar. Battal Gazi Tek-fur'un kızı ve hazinelerini aldıktan sonra  Üsküdar'dan atına atlayıp oradan uzaklaşmıştır. Çokça bilinen “Atı alan Üsküdarı geçti” lafının bu hikayeden gelmekte olduğu söylenir.

Damalis

Bir başka hikayeye göre de; M.Ö. 400'lü yıllarda Atina deniz kumandanının eşi Damalis burada ölmüş ve Kız Kulesi'ne gömülmüştür. Bugün de Salacak burnuna Damalis Burnu (Dana yavrusu burnu) denmektedir.